Einige Tage vor dem 8. September 1943 fuhr eine deutsche Kolonne gerüstet mit Panzern und Kanonen durch Vergato in Richtung Süden und begrub jede Hoffnung auf Frieden, den die Unterzeichnung des Waffenstillstands zwischen Italien und den Alliierten im Rest des Landes brachte. Am 27. November wurde Vergato bombardiert, um die Straßenverbindungen und Bahnlinien zwischen dem Norden und der Front zu unterbrechen. Eine alliierte Luftoffensive führte am helllichten Tage zu 52 Toten und Hunderten Verletzten: das eigentlich Ziel waren die Brücken über den Reno, aber es wurden Zivilbürger auf dem Marktplatz getroffen. Infolge zahlreicher Angriffe wurde langsam das Dorf evakuiert und im Oktober 1944 war das Gebiet geteilt: die Deutschen hatten sich in die Berge von Castelnuovo (Ortsteil von Vergato) und auf den Monte Pero zurückgezogen, während sich die Alliierten in Stanco, Grizzana und auf dem Monte Salvaro aufhielten. Da Vergato genau in der Mitte dieses Gebiets lag, erlebte es zahlreiche zivile Räumungen. Die Gemeinde von Vergato hat im Jahr 2002 den Orden für zivile Dienste erhalten. Sie wurde für das durch die Bombardierungen erlittenes Leiden und die erwiesene Solidarität gegenüber den Vertriebenen ausgezeichnet.
Der mächtige Monte Pero (759 m) ragt über Vergato und wurde von den Deutschen ab dem Herbst 1944 befestigt und so zu einem der Angelpunkte der letzten Defensivlinie auf dem Apennin im Süden von Bologna. Während der alliierten Offensive im April 1945 wurde die gesamte Gegend bombardiert. Der Angriff erfolgte an zwei Fronten: während die Artillerie die Berge im Visier hatte, versuchten die Deutschen in Cereglia und auf dem Monte Pero Widerstand zu leisten. Die Kämpfe dauerten bis zum Nachmittag des 15. April an und endeten am Morgen des 16. April mit der Belagerung von Vergato und der Eroberung des Gipfels des Monte Pero und des Monte Radicchio. Die Straße nach Bologna wurde wieder geöffnet. Die Wanderung auf dieser Route dauert circa 3 Stunden und ermöglicht die Besichtigung der zahlreichen Schützengräben, Kanonenplätze, Kontrollwege und Schutzhüten sowie der Naturhöhlen, die den Soldaten Schutz gaben. (Um mehr zu erfahren: Guerra e resistenza sulla linea gotica tra Modena e Bologna 1943-1945-Krieg und Widerstand auf der gotische Linie zwischen Modena und Bologna 1943-1945, Edizioni Artestampa).