Die heutige Kirche ist auf den Überresten, eines ehemaligen, vor dem IX. Jahrhundert datierten Gebäudes, zwischen dem XI. und dem XII. Jahrhundert errichtet worden. Sie enthält in der Krypta und den Apsiden noch erkennbare Teile der antiken Struktur. Der eigentliche Kern der Abtei wurde von Matilde von Canossa im XI. Jahrhundert gegründet und war den Mönchen vorbehalten. Kurz nach seiner Errichtung wurde das Kloster den Regularkanonikern von San Frediano di Lucca überlassen, eine antike, ca. im Jahre 556 entstandene, nach der Augustinerregel lebende Bruderschaft. Die Ankunft der Kanoniker in Monteveglio ist auf die Zeit zwischen 1092 und 1100 zurückzuführen, wo sie weitere dreihundertfünfzig Jahre lang blieben. Im Jahre 1455 wurden die Regularkanoniker von San Frediano di Lucca durch die Augustiner-Chorherren vom Lateran abgelöst, die hier weitere dreihundertfünfzig Jahre verweilten, bis sie im Jahre 1796 von den Truppen Napoleons vertrieben wurden. Bis vor einigen Jahren und für einen kurzen Zeitraum, beherbergte die Abtei die Gemeinschaft von Don Giuseppe Dossetti, nun ist sie aber Sitz des Ordens der Brüder von San Francesco. Die Kirche und Abtei von Monteveglio sind im vorherigen Jahrhundert, zwischen 1925 und 1934, vom Architekten Giuseppe Rivani restauriert worden, wobei überflüssige Strukturen entfernt wurden und die ursprüngliche Architektur des Gebäudekomplexes zum Vorschein gebracht worden ist.
Die Kirche von Sant'Andrea existierte bereits im XI. Jahrhundert wurde dann aber im XVII. Jahrhundert renoviert, mit Ausnahme des \"bleistiftförmigen\" Glockenturms, der aus dem Jahre 1808 stammt.. Während der Besetzung durch Napoleon, wurde 1803 die antike und traditionsreiche Gemeinde von Montebudello aufgelöst und in einen Bezirk von Monteveglio verwandelt.